对碧玺进行优化处理的方法主要有热处理、辐照处理、电子轰击、镀膜处理等。

热处理是比较常用的一种方法，主要是通过加热那些颜色较深的碧玺，如深蓝、深绿、深紫等，使其原来的颜色变浅，从而增强其透明度，提高其档次。

辐照处理也是改变碧玺颜色的一种方法，人们可以通过对无色或色淡、多色的碧玺运用高能辐射进行辐照处理，得到不同的颜色。曾经就有科学家利用辐照处理对我国新疆出产的碧玺进行处理，处理后浅粉红色的碧玺变成了红、深红色，浅绿色碧玺变成了粉红、红、深红色；双色碧玺变成了红绿、红紫色，无色碧玺变成了粉红、红、深红色。