绿碧玺和绿色的蓝宝石、透辉石。碧玺的折射率较大，从折射仪来看可以看到两条阴影界线的分离十分明显。和透辉石相比较而言，碧玺为一轴晶而透辉石为二轴晶，这在折射仪中是可以分辨出来的。

绿碧玺和祖母绿。祖母绿的外观和绿碧玺还是很相像的（特别切得还一样的时候），不过祖母绿的折射率与双折射率是明显低于碧玺的，宝石后的刻面棱的重影还不是很明显，但是碧玺就很明显可见。还可从二色性来区分，因为这是碧玺的特征。

热处理。可以对颜色较深的碧玺进行加热处理，从而使颜色变浅，同时增强了透明度，来提高其品质。比如，热处理深蓝或深绿，得到蓝、绿色，还可增加了透明度。

辐照。无色、色淡、多色的碧玺进行如此处理步骤，可以改变颜色，得到红、粉红、紫红等等的颜色。

镀膜。将无色或接近无色的碧玺镀膜，得到各种颜色，这一般来说还是很好区分的。