玛瑙中常常会见到各种被包含物，像是看似水草的，看似枝干的，也有絮状沉淀的也就是幽灵，也有发晶的发丝状，这些都是沉淀玛瑙或者水晶中非二氧化硅的矿物，也就是所谓的杂质。

玛瑙和水晶的形成，都是溶解着二氧化硅的地下热液，在适合的环境下，逐步沉淀而成固体二氧化硅。玛瑙和水晶的区别在于结晶程度上的差异，因为晶体只肯住在宽敞的地方。而当热液中混有少量杂质时，便可能和二氧化硅先后或是同时沉淀下来，以内含物的形式存在着。

一般来说，玛瑙石不含有任何化石的。

反过来说，化石能不能玛瑙化？答案是有可能。之前也说了玛瑙的形成地点是地层的空洞里，生物被埋藏之后可能会在地层中存留一定的提及。若是生物残骸或是已形成的化石发生了溶解，会有保留生物外形的一个空间，而恰好在具备形成玛瑙的地层水环境，便可能有这个条件形成玛瑙。这种化石叫铸模化石，不过现实中很难见到玛瑙质地的铸模化石。