一般情形下，碧玺的矿物原料呈长柱状，柱面上有纵纹，而横断面则呈弧面三角形。此外，碧玺具有非常明显的二色性和由于强烈双折射而产生的双影光学现象。所以，如果是晶体原料，碧玺是很易识别的。

       但是，如果是经过切割和镶嵌的碧玺饰品，由于碧玺颜色丰富多样，因此它常与其它天然宝石、合成宝石甚至有色玻璃相混淆。其中容易混淆的天然宝石包括透辉石、紫水晶、红柱石、金绿玉、黄水晶、翠榴石、翠绿锂辉石、橄榄石、烟水晶、红宝石、祖母绿、桃色黄晶、符山石和锆石等。遇到这种情况时.

可以依据碧玺的如下三个特征来鉴别：

   （1）碧玺具有强双折射率：如果从宝石的台面向下观察，可以见到碧玺底棱呈明显的双影现象——由此可将碧玺与任何颜色的托帕石、合成尖晶石等区分开来；

   （2）碧玺具有强二色性：如果是红色碧玺，常显红色和粉红色的二色性；如果是绿色碧玺，常显示绿色和淡绿色二色性——由此可轻易地将绿色碧玺与绿色橄榄石、绿色玻璃、绿色石榴石等区分开来；

   （3）碧玺经常被琢磨成祖母绿阶梯形状，因此在平行阶梯长边的方向经常可见一些管状的包裹物或棉絮物，而在平行阶梯短边的方向观察经常会发现其颜色变深，这是由于碧玺不同方向对光的吸收不同——这一特性可用来鉴定碧玺和一些合成的仿制品。